Флоровский монастырь существовал еще до опустошения Киева Менгли-Гиреем (1482 г.) но достоверно и полно историю его еще не написано.
Но первое документальное свидетельство о монастыре – грамота от 1566 г. польского короля Сигизмунда ІІ Августа киевскому воеводе князю Константину Константиновичу Острожскому.
В ней говорится о закреплении за протопопом Яковом Гулькевичем и его потомками-священниками права удерживать издавна существовавший монастырь при церкви свв. Флора и Лавра и чинить там службу по греческому обычаю и закону, т.е. совершать православные богослужения.
В 1711 г. в монастыре произошли коренная реорганизация – по воле Императора Петра I ко Флоровскому был присоединен Вознесенский женский монастырь (основан в начале XVII в.), находившийся напротив Св. врат Лавры (ныне на этом месте – бывший арсенал Киево-Печерской крепости).
Причина была политическая. Игуменьей этого монастыря была Мария Магдалине (мать гетмана И. Мазепы).
